《国有土地上房屋征收与补偿条例》（以下简称《条例》）第十七条和第二十三条作出了对因征收房屋造成停产停业损失的应进行补偿的规定，提出了补偿应根据房屋被征收前的效益、停产停业期限等因素确定。由于在实际工作中各地补偿标准和方法差异很大，《条例》授权省、自治区、直辖市制定停产停业损失补偿办法。根据了解到的情况，目前对在停产停业损失的补偿中引进评估机制各方基本达成共识，但还有一些问题存在比较大的争议，比如：评估机构是选择房地产估价机构还是选择资产评估机构；损失补偿标准是按被征收企业的实际效益测算还是按照同类企业的社会平均效益测算，等等。
    一、关于选择评估机构的问题
这个问题实际反映的是选择谁更专业的问题。有一种观点认为，房地产估价机构只能评估土地和建筑物，除此之外的和与企业经营效益相关的评估都应由资产评估机构进行。此观点乍看起来有一些道理，但细究起来却是有些片面，我们认为这是对房地产估价的范围和房地产估价技术上存在认识误区。
    1、房地产估价的范围
    《房地产估价机构管理办法》第三条第二款“本办法所称房地产估价活动，包括土地、建筑物、构筑物、在建工程、以房地产为主的企业整体资产、企业整体资产中的房地产等各类房地产评估……”由此可见，以房地产为主的企业整体资产也是房地产估价活动的范围。事实已说明，在征收补偿中，由于房地产量大价高，绝大多数的补偿都是对房地产价值的补偿，征收补偿评估是以房地产为主的评估。因此，征收补偿中作为附加的停产停业损失补偿评估由房地产估价机构进行是有法理依据的。
    2、房地产估价的技术能力
    首先，停产停业损失补偿是在实际工作中出现的新问题。目前还没有哪个评估专业对停产停业损失出台专门的评估技术规范，各地政府对此项损失的补偿也都在不断的探索之中，因此停产停业损失评估具体如何操作对任何一个评估专业来说都是新命题，不存在哪个专业已经走在前面的问题。
其次，房地产估价师对企业经营效益进行分析、估算并不陌生，而且早已形成了完整的理论体系，对企业经营效益进行分析、估算也早已是注册房地产估价师考试的考核内容之一。《房地产估价规范》5.3收益法—— 5.3.2净收益的求取第2条、第3条，规定了对商业经营型和生产型房地产净收益的求取路线，简单来说就是根据企业的经营收入，从中扣除生产销售成本、经营成本、销售税金、管理费用、财务费用、商业利润，得出归属于房地产的净收益。笔者认为，停产停业损失主要是企业在停产停业期间的商业利润的损失，因为房地产未来若干年的净收益已经体现在房地产补偿价值中，如此一来，停产停业损失评估公式实际是求取房地产净收益公式的变形，简化为：
停产停业损失（商业利润）=企业经营收入-生产销售成本-停业期间经营成本-销售税金-管理费用-财务费用-房地产净收益。
    以上公式中，除房地产净收益之外其他项目都可以根据企业上年度的财务经营状况进行评估确定，而房地产净收益的确定是最大的难点，但这也正是房地产估价师的专长。当然在实际工作中情况非常复杂，企业的损失可能还包括了员工遣散费、合同违约赔偿等，评估工作中要结合具体情况具体分析。
    综上，我们认为房地产估价机构完全有能力胜任此项评估工作。
    二、损失补偿标准的问题
《条例》首次明确提出了“公平补偿”的概念。对停产停业损失补偿而言，我们认为所谓“公平补偿”应着重根据不同企业的经营效益优劣进行补偿，经营效益好的企业就应多补偿，经营效益差的企业少补偿，没有效益的不补偿，惟其如此，才能公平。因为企业的经营效益一定是个性化的、差异化的，如果不考虑企业的实际经营状况，统一按照该类企业的社会平均效益进行补偿，恰恰是反公平的。此外，类似企业的社会平均效益怎么确定？这是一个貌似正确却无法操作的伪命题。